Gökhan Karakülah Laboratuvarı

 

Gökhan Karakülah Research Lab gokhan.karakulah@deu.edu.tr

 

GENEL BAKIŞ

Yeni nesil dizileme (YND) teknolojileri günümüzde genetik çeşitlilik, farklı RNA türlerinin ifadesi ve gelişim, yaşlanma ve hastalıkla ilişkili epigenetik değişiklikler hakkında genom çapında çıkarımlar yapılması için yaşam bilimciler ve klinisyenlere “büyük veri biliminin” fırsatlarını sunmaktadır. YND’nin hızlı bir şekilde gelişimi ve bunlarla ilişkili metodolojiler, büyük veri setlerinin eldesi, yönetimi ve analizinde ve biyolojik veya klinik olarak anlamlı bilginin elde edilmesinde önemli zorluklar ortaya koymaktadır. Günümüz hesaplama yöntemleri, YND teknolojileri ile üretilen büyük genomik, transkriptomik ve epigenomik veri kümelerinin potansiyelini tam olarak kullanmakta çoğunlukla sınırlı seviyede kalmaktadır. Bu nedenle, bilgisayar ve sistem düzeyinde analizler üzerine yeni araçlar geliştirmek için biyoinformatik yöntemlere büyük bir ihtiyaç bulunmaktadır.

ARAŞTIRMA ALANLARI

(i) Biyolojik olarak anlamlı verinin elde edilmesi ve öneminin belirlenmesinde YDS verilerinin analizi, incelemesi ve modellenmesi,

(ii) Genom, transkriptom ve epigenom gibi farklı tip ve çözünürlükteki biyolojik veri setlerinin bütünleşik olarak ele alınabilmesi için biyoinformatik analiz yöntemlerinin geliştirilmesi ve

(iii) Yaşam bilimlerindeki araştırmacılar için çevrim içi biyoinformatik veritabanları ve analiz araçları oluşturulması.

 

Grup üyeleri:

Karakülah lab yüksek motivasyona sahip lisansüstü öğrencileri aramaktadır. İlgilenenlerin gokhan.karakulah@deu.edu.tr adresine e-posta yoluyla iletişime geçmeleri rica olunur.

YAYINLAR
Pubmed ve Web of Science adreslerinde “Karakulah G” olarak tüm yayın ve atıf listesine erişebilirsiniz.