Can Küçük Laboratuvarı

Kanser ve Nadir Hastalıkların Fonksiyonel Genomiği

 

Kucuk Research Lab Picture can.kucuk@deu.edu.tr, cankucuk.ibgizmir@gmail.com
Oda No. 2031
Üyeler
Hongling Yuan (Uzman Doktor)
Burcu Akman (Doktora öğrencisi)
Esra Baytak (YL Öğrencisi)
Deniz Kurşun (YL Öğrencisi)

ARAŞTIRMA ALANLARI

Güncel çalışmalarımız hematolojik maligniteler (lenfoma ve lösemi) başta olmak üzere kanserler ve nadir hastalıklara neden olan mutasyon ve epigenetik bozukların genomik metodolojiler kullanarak keşfi ve karakterizasyonu üzerine odaklanmıştır.

Can Küçük Şekil

Yeni nesil dizi analizi (next generation sequencing) temelli metodolojiler bilimsel araştırmalarımızda önemli bir rol oynamaktadır. Hasta örneklerinde gerçekleştirilen tüm genom ve tüm ekzom dizi analizi ya da tüm transkriptom dizi analizi sonucu yeni sürücü mutasyonların keşfi ve bu keşiflerin Sanger dizi analizi yada benzer tekniklerle çarpraz dogrulmasını yapmaktayız. Bunun yanı sıra, çalışmalarımız kanser hastalarında genom ölçeğinde gen promotör/CpG adası bölgelerinin analizini de içermektedir. Keşfedilen bozuklukların fonksiyonel karakterizasyonunu moleküler biyoloji teknikleri kullanarak gerçekleştirmekteyiz. Genel olarak, çalışmalarımız çok boyutlu bir yaklaşım izlemekte olup, birbiriyle alakalı biyotıp disiplinlerinin ortak çalışmasını içermektedir. Bu çalışmalardaki nihai hedef, kanser hastalarındaki (yada diğer agresif hastalıklardaki) genetik/epigenetik bozukluk haritalarının detaylı bir şekilde çıkarılıp, bu bulguların kişiselleştirilmiş tıp (personalized medicine) için yeni teşhis ve tedavi yöntemlerine dönüştürülmesidir.

Grup üyeleri

Küçük lab’a 2018 İlkbahar döneminde master öğrencisi alınacaktır. İlgilenenlerin cankucuk.ibgizmir@gmail.com adresinden e-posta yoluyla iletişime geçmeleri rica olunur.

Eğitim/Araştırma Deneyimi
04/15 – halen Yardımcı doçent doktor (Tıbbi Biyoloji), Dokuz Eylül Üniversitesi İzmir Uluslararası  Biyotıp ve Genom Enstitüsü (iBG-izmir), İzmir, Türkiye.
11/14 – 03/15 Tübitak 2232 bursiyeri, Dokuz Eylül Üniversitesi İzmir Biyotıp ve Genom Enstitüsü (iBG-izmir), İzmir, Türkiye.
10/13 – 10/14 Doktora sonrası araştırmacı, Patoloji Bölümü, City of Hope Tıp Merkezi, Duarte, CA, ABD.
10/12 – 09/13 Doktora sonrası araştırmacı, Patoloji Bölümü, Nebraska Üniversitesi Tıp Merkezi, Omaha, NE, ABD.
12/06 – 10/12 Doktora, Kanser Biyolojisi ve Onkoloji üzerine, Epley Kanser Enstitüsü, Nebraska Üniversitesi Tıp Merkezi, Omaha, NE, ABD.
09/05 – 12/06 Doktora Araştırma Asistanı*, Gelişim, Hücre ve Nerobiyoloji üzerine, Hücre Biyolojisi ve Anatomi Bölümü, Lousiana Eyalet Üniversitesi Sağlık Bilimleri Merkezi, New Orleans, LA, ABD.
09/01 – 07/05 B.Sc. Moleküler Biyoloji ve Genetik, Orta Doğu Teknik Üniversitesi (ODTÜ), Ankara, Turkey.
*: Katrina kasırgası sebebiyle yeni bir doktora programına transfer olunmuştur.
ÖDÜLLER VE TANINMA

• TÜBA-Üstün Başarılı Genç Bilim İnsanlarını Ödüllendirme Programı (TÜBA-GEBİP), Türkiye, 2017
• XV. Ulusal Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi, Genç Araştırmacı Birincilik Ödülü, Türkiye, 2017.
• Bilim Akademisi – Genç Bilim İnsanı ödülü (BAGEP),Türkiye, 2015.
• TÜBİTAK – BİDEB 2232 Yurda Dönüş Araştırma Burs Programı, Türkiye, 2014.
• Amerika Hematoloji Topluluğu (ASH) Çalışma Özeti Başarı Ödülü, ABD, 2013.
• UNMC – Doktora öğrencisi asistan bursu (2010 yılında rekabete dayalı yenilenme), ABD, 2009.
• TÜBİTAK –Temel Bilimler B Bursu, Türkiye, 2002.
YAYINLAR
Tüm yayınlar ve atıflar: Google Scholar: Can Kucuk

  1. Wan Y, He D, Ye Y, Zhang W, Zhao S, Long Y, Chen M, Küçük C. “Primary cardiac diffuse large B-cell lymphoma with concurrent high MYC and BCL2 expression in an immunocompetent Chinese elderly woman.” Cardiovasc Pathol. 2017 Nov 1;31:54-6.
  2. Baytak E, Gong Q, Akman B, Yuan H, Chan W.C., Küçük C#. “Whole transcriptome analysis reveals dysregulated oncogenic lncRNAs in natural killer/T-cell lymphoma and establishes MIR155HG as a target of PRDM1.” Tumour Biol.  2017 39(5) p.1010428317701648.
  3. Hu X, Baytak E, Li J, Akman B, Okay K, Hu G, Scuto A, Zhang W#, Küçük C#. “The relationship of REL proto-oncogene to pathobiology and chemoresistance in follicular and transformed follicular lymphoma.” Leuk Res. 2017 Mar;54:30-38.
  4. Küçük C, Chan WC. “Selective expression of KIR2DL4 for improved diagnosis and as a potential therapeutic target in natural killer/T cell lymphomas: Beyond the Abstract”, OncToday.com, 2016 Oct 3; 23985.
  5. Küçük C#, Hu X, Gong Q, Jiang B, Cornish A, Gaulard P, McKeithan T, Chan WC#. “Diagnostic and Biological Significance of KIR Expression Profile Determined by RNA-Seq in Natural Killer/T-Cell Lymphoma.” Am. J Pathol. 2016 Apr 6.  [Epub ahead of print]
  6. Gao LM, Zhao S, Liu WP, Zhang WY, Li GD, Küçük C, Hu XZ, Chan WC, Tang Y, Ding WS, Yan JQ, Yao WQ, Wang JC. “Clinicopathologic Characterization of Aggressive Natural Killer Cell Leukemia Involving Different Tissue Sites.”Am J Surg Pathol. 2016 Mar 11. [Epub ahead of print]
  7. Xiaozhou Hu, Wing C.Chan, Can Küçük#. “Generation of a genetically engineered aggressive NK-cell leukemia cell line with stable IL2 expression”. Acta Medica International 2015 July-Dec;2(2):78-84.
  8. Can Küçük#, Xiaozhou Hu, Timothy McKeithan, and Wing C. Chan. “Lack of Evidence that HACE1 Is Not a Tumor Suppressor Gene in NKTCL: To the Editor-in-Chief.” Am. J Pathol. 2015. 185, no. 4: 1167-1168.
  9. C Küçük*, X Hu*, B Jiang, D Klinkebiel, H Geng, A Bouska, J Iqbal, P Gaulard, TW. McKeithan, and WC. Chan. “Global promoter methylation analysis reveals novel candidate tumor suppressor genes in natural killer cell lymphoma.” Clin. Cancer Res. 21(7):1699- 711 2015.
  10. C Küçük*, B Jiang*, X Hu, W Zhang, JK.C. Chan, W Xiao, N Lack, C Alkan, JC. Williams, KN. Avery, P Kavak, A Scuto, E Sen, P Gaulard,L Staudt, J Iqbal, W Zhang, A Cornish, Q Gong, Q Yang, H Sun, F d’Amore, S Leppä, W Liu , K Fu, L de Leval,T McKeithan , WC. Chan. “Activating mutations of STAT5B and STAT3 in lymphomas derived from γδ-T or NK cells.” Nat Commun. 2015 Jan 14; 6:6025.
  11. A Bouska, T W McKeithan, KE Deffenbacher, C Lachel, GW Wright, J Iqbal, LM Smith, W Zhang, C Kucuk , A Rinaldi, F Bertoni, J Fitzgibbon, K Fu, DD Weisenburger, TC Greiner,BJ Dave, RD Gascoyne, A Rosenwald, E Campo, LM Rimsza, J Delabie, ES Jaffe, RM Braziel, J Connors, LM Staudt, and WC Chan. “Genome-wide copy number analyses reveal genomic abnormalities involved in transformation of follicular lymphoma.” Blood 2014 Mar 13;123(11):1681-90.
  12. AM. Perry, RA. Warnke, Q Hu, P Gaulard, C Copie- Bergman, S Alkan, HY Wang, JX. Cheng, CM. Bacon, J Delabie, E Ranheim, C Kucuk, X Hu, DD. Weisenburger, ES. Jaffe, WC. Chan. “Indolent T-cell lymphoproliferative disease of the gastrointestinal tract.” Blood 2013 Nov 21;122(22):3599-606.
  13. Liu C, Iqbal J, Teruya-Feldstein J, Shen Y, Dabrowska MJ, Dybkaer K, Lim MS, Piva R, Barreca A, Pellegrino E, Spaccarotella E, Lachel CM, Kucuk C , Jiang CS,Hu X, Bhagvati S, Greiner TC, Weisenburger DD, Aoun P, Perkins SL, McKeithan TW, Inghirami G, Chan WC. “MicroRNA expression profiling identifies molecular signatures associated with anaplastic large cell lymphoma.” Blood 2013 Sep 19;122(12):2083-92.
  14. Küçük C*, Hu X*, Iqbal J, Gaulard P, Klinkebiel D ,Cornish A, Dave BJ, Chan WC. “HACE1 is a Tumor Suppressor Gene Candidate in Natural Killer Cell Neoplasms.” Am. J Pathol. 182(1):49-55.2013.
  15. RA Cairns*, J Iqbal*, F Lemonnier*, C Kucuk, L de Leval, JP Jais, M Parrens, A Martin, L Xerri, P Brousset, LC Chan, WC Chan, P Gaulard, and Tak W Mak. “IDH2 mutations are frequent in angioimmunoblastic T-cell lymphoma.” Blood 2012 Feb 23; 119(8):1901-3.
  16. Küçük C, Iqbal J, Hu X, Gaulard P, De Leval L, Srivastava G, Au WY, McKeithan TW, Chan WC. “PRDM1 is a Tumor Suppressor Gene in Natural Killer Cell Malignancies.” Proc Natl Acad Sci U S A.2011 Dec 13;108 (50):20119-24.
  17. Iqbal J, Weisenburger DD, Chowdhury A, Tsai MY, Srivastava G, Greiner TC, Kucuk C , Deffenbacher K, Vose J, Smith L, Au WY, Nakamura S, Seto M, Delabie J, Berger F, Loong F, Ko YH, Sng I, Liu X, Loughran TP, Armitage J, Chan WC. “NK-cell lymphoma shares strikingly similar molecular features with a distinct subset of T-cell lymphoma and is highly sensitivity to a novel aurora kinase A inhibitor in vitro.” Leukemia 2011 Feb 1;25(2):348-58.
  18. Martha E.Bickford, Arkadiusk Slusarczyk,Emil K.Dilger,Thomas E. Krahe, Can Kucuk, and William Guido. “Synaptic Development of the Mouse Dorsal Geniculate Nucleus.” J. Comp Neurol. 2010 Mar 1; 518 (5):622-35.
  19. Javeed Iqbal, Dennis Weisenburger, Timothy C Greiner, Julie M Vose, Timothy McKeithan, Can Kucuk, Huimin Geng, Karen Deffenbacher, Lynette Smith, Karen Dybkaer, Shigeo Nakamura, Masao Seto, Jan Delabie, Francoise Berger, Florence Loong, Wing Y Au, Young- Hyeh Ko, Ivy Sng, James Olen Armitage, and Wing C Chan. ‘Molecular signatures to improve diagnosis in peripheral T-cell lymphoma and prognostication in angioimmunoblastic T-cell lymphoma.’ Blood 2010 Feb 4;115(5):1026-1036.
  20. Javeed Iqbal*, Can Kucuk*, Ronald J. deLeeuw, Gopesh Srivastava, Wayne Tam, Huimin Geng, David Klinkebiel, Judith K. Christman, Kavita Patel, Kajia Cao, Lijun Shen, Karen Dybkaer, Ivy F.L. Tsui, Hesham Ali, Norio Shimizu, Wing Yan Au, Wan L. Lam and Wing C. Chan. ‘Genomic analyses reveal global functional alterations that promote tumor growth and novel tumor suppressor genes in natural killer-cell malignancies.’ Leukemia 2009 June; 23, 1139-1151.
  21. Javeed Iqbal, Shantaram Joshi, Kavita N Patel, Sofi I Javed, Can Kucuk, Afeera Aabida, Francesco d’Amore, Kai Fu. ‘Clinical implication of genome-wide profiling in diffuse large B-cell lymphoma and other subtypes of B-cell lymphoma.’ IJC 2007 Apr-Jun; 44(2):72-86.
    *: Equal contribution. #: Corresponding author.

 

 

Google Scholar Icon Research Gate Icon LinkedIn Icon