Genomik ve Biyoinformatik

 

Hizmet Birimi Sorumlusu
Yrd.Doç.Dr. Yavuz Oktay
Birim Personeli
Yrd.Doç.Dr. Gökhan Karakülah
Dr.Vanesa Segovia

Yeni nesil dizileme teknolojisine dayalı DNA/RNA dizilemelerinin yüksek kapasite ve kalitede yapıldığı birimimizde, standart ve ileri düzey biyoinformatik analizler de yapılabilmektedir.

Birimimizde aşağıdaki hizmetler sağlanmaktadır:

NGS:
1) Tüm Genom Dizileme (WGS)
2) Tüm Ekzom Dizileme (WES)
3) Hedefli DNA (panel) Dizileme (Targeted sequencing)
4) Transkriptom Dizileme (RNA-seq)
5) Kromatin Immunopresipitasyon (ChIP) Dizileme (ChIP-Seq)
6) Tüm Genom ve Hedefli Metilasyon dizileme (WGBS ve Methyl-seq)
7) Metagenom Dizileme / Tür Tayini (16S rRNA-seq)
8) HLA Dizileme (NGS ile HLA Tipleme)
9) VDJ-seq
10) Standart Biyoinformatik Analiz
11) İleri Düzey Biyoinformatik Analiz

Diğer:
12) Sanger Dizileme
13) qPCR ile Gen Ekspresyon Analizi
14) qPCR ile DNA Kopya Sayısı Analizi
15) RNA ve DNA izolasyonu ve Kalite Kontrolü
16) Plazmid sub-klonlama
17) MLPA
18) Kandan Serbest DNA İzolasyonu ve Dijital PCR Analizi (yakında)
19) Hücre Kültüründe CRISPR/cas9 Genom Düzenleme (yakında)

Birimimizde kullanılan metodolojilerle aşağıdaki araştırma alanları kapsanabilir:

1) Genom çapında mutasyon / varyant analizi
2) Gen ekspresyonu profillemesi
3) Tek hücre gen ekspresyon analizi
4) Transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin tanımlanması

Aşağıdaki standart biyoinformatik veri analizi tüm NGS uygulamaları için dahil edilecektir. Gerektiğinde ileri biyoinformatik analizler yapılacaktır:

A) RNA-Seq verilerini kullanarak gen, transkript ve lncRNA ekspresyon analizi
B) ChIP-Seq veri analizi (bağlanma bölgelerinin belirlenmesi, konsensus motif analizi vb.)