Genomik ve Biyoinformatik Birimi

 

 

Birim Sorumlusu
Yrd.Doç.Dr. Yavuz Oktay
Üyeler
Yrd.Doç.Dr. Gökhan Karakülah
Dr.Vanesa Segovia

Yeni nesil dizileme (NGS), yeni varyant keşfi, RNA ifade analizi, transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin belirlenmesi ve metilasyon profillemesi gibi çeşitli uygulamaları genom çapında yapabilmeyi mümkün kılan önemli bir teknolojidir. NGS, geleneksel kapiller elektroforez dizilimi ile gerçekleştirildiğinde çok zaman alıcı ve pahalı olan genom çapında mutasyon analizini önemli ölçüde hızlandırmıştır. Bunun sonucunda, hastalık patogenezinde kritik olan çeşitli mutasyonlar (missens, nonsens, indel, çerçeve kayması, yapısal mutasyonlar), NGS kullanarak 1-2 gün içinde keşfedilebilir.

Genomik ve Biyoinformatik Birimi’ne ayrı PCR-öncesi ve PCR-sonrası alanlar içeren yaklaşık 125 m2 laboratuar alanı tahsis edilmiştir. Birimimizde NGS teknolojisine dayalı çeşitli DNA/RNA dizileme uygulamaları yüksek kapasite ve kalitede yapılmakta, elde edilen verilerde standart ve ileri düzey biyoinformatik analizler yapılabilmektedir.

Birimimizde kullanılan metodolojilerle aşağıdaki araştırma alanları kapsanabilir:

1) Genom çapında mutasyon / varyant analizi
2) Gen ekspresyonu profillemesi
3) Metilasyon analizi
4) Transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin ve histon modifikasyonlarının tanımlanması

Aşağıdaki standart biyoinformatik veri analizi tüm NGS uygulamaları için dahil edilecektir. Gerektiğinde ileri biyoinformatik analizler yapılacaktır:

A) RNA-Seq verilerini kullanarak gen, transkript ve lncRNA ekspresyon analizi
B) ChIP-Seq veri analizi (bağlanma bölgelerinin belirlenmesi, konsensus motif analizi vb.)

Ayrıntılı servis ve fiyat bilgisi için “Hizmetler” sekmesi altındaki “Genomik ve Biyoinformatik Hizmet Birimi”ni seçiniz.